Hüdroelektrijaamade edendamisel tuleks meeles pidada, et paljud väikesed elektrijaamad toodavad väga vähe elektrit, kuid avaldavad märkimisväärset negatiivset mõju jõgede ökosüsteemidele ja hävitavad viimased puutumatud jõed, nt Balkanil.